Tiếng ồn của máy bơm siêu nhỏ chủ yếu có thể được chia thành ba phần: tiếng ồn thủy động lực, tiếng ồn cơ học từ các bộ phận chuyển động và tiếng ồn động cơ.
Tiếng ồn thủy động lực được tạo ra khi máy bơm siêu nhỏ hoạt động, liên tục tạo ra các xung áp suất trong chất lỏng, kích thích sự rung động ở các bộ phận như thân máy bơm, van, đường ống, tỏa ra tiếng ồn ra bên ngoài. Theo phép đo của các nhà nghiên cứu tại Công ty Cơ điện Thành Đô Qihai, tiếng ồn thủy động lực là nguồn tiếng ồn đáng kể nhất trong máy bơm siêu nhỏ.
Tiếng ồn thủy động lực của máy bơm siêu nhỏ có tần số từ-đến{1}}thấp. Khi máy bơm chân không siêu nhỏ hút không khí vào, van đầu vào mở ra và van đầu ra đóng lại, hút không khí vào buồng bơm. Điều này tạo ra sự dao động áp suất mạnh trong buồng đầu vào và van, tỏa ra bên ngoài dưới dạng sóng âm, tạo thành tiếng ồn đầu vào. Tiếng ồn đầu vào có phổ liên tục dải rộng và tần số cơ bản của nó có thể được tính bằng công thức f=2n/60 (trong đó n là tốc độ quay mỗi phút). Ngoài tần số cơ bản, còn có các sóng hài có tần số-cao, nhưng mức âm thanh của các sóng hài này thấp hơn mức âm thanh của tần số cơ bản.
Tốc độ quay càng cao, độ chân không càng lớn và tốc độ dòng chảy càng lớn thì tiếng ồn đầu vào càng lớn. Trong quá trình xả, van nạp đóng lại và van xả mở ra, khiến không khí nở ra. Luồng khí đi nhanh qua cửa thoát, tạo ra sóng âm và tạo ra tiếng ồn khí thải. Tiếng ồn khí thải cũng thể hiện phổ liên tục băng rộng. Tốc độ quay, áp suất và tốc độ dòng chảy cao hơn dẫn đến tiếng ồn khí thải lớn hơn. Việc nối một ống nhựa dài giúp giảm tiếng ồn cả đầu vào và đầu ra. Nguyên nhân gây ra tiếng ồn ở máy bơm nước chân không thu nhỏ rất phức tạp.
Do sự dao động áp suất định kỳ trong buồng bơm, dòng nước không ổn định tạo ra nhiều dòng xoáy. Sự thay đổi áp suất nhanh chóng trên màng ngăn, buồng bơm và van cũng như ma sát giữa nước và thân máy bơm tạo ra tiếng ồn. Đặc biệt khi nhiệt độ nước cao và độ chân không của bơm thấp, áp suất trong buồng bơm trong quá trình hút có thể thấp hơn áp suất hơi bão hòa của nước ở nhiệt độ đó. Điều này gây ra hiện tượng bay hơi nước, tạo ra nhiều bong bóng và hình thành dòng chảy hai pha phức tạp. Trong hành trình nén, dưới áp suất cao hơn, các bong bóng này nhanh chóng xẹp xuống, khiến nước xung quanh bong bóng lao về phía tâm bong bóng với tốc độ cao, dẫn đến búa nước có tần số cao, tác động{6} cao liên tục tác động đến các bộ phận bên trong của máy bơm.